しかし、薬ではないので副作用と言う定義に当てはまらないという事も出来ますが、食品にも食べ合わせや食べすぎが良くないように、全く副作用の心配がないというわけではありません。サプリメント大国と言われるアメリカにおいては、一部の製品には副作用が認められるとする意見も多く、FDA(日本で言えば厚労省と農水省に当る国家機関)には、嘔吐・下痢・頭痛などのサプリメントの副作用と思われる症状が報告されています。
また、サプリメントの中でも、脂溶性ビタミンは過剰症がありますので、過剰摂取により弊害が心配されています。