市場には厳密な線引きはなく、またカテゴリー分けも曖昧になっています。薬とは違ってはっきりとした規格基準がないため、製品個々の品質の明確な品質基準、優劣については不透明というのが現状です。
そのため、ブームに便乗した悪質な製品も出回っています。あるTV番組がきっかけでブームになった抗酸化やアンチエイジングの栄養素のビタミン物質、コエンザイムQ10などがり、店頭から消えるほど人気がありましたが、含有量がほぼゼロの製品などの存在していたことが話題となり、サプリメントの品質について注目するようになりました。アメリカの消費者団体、コンシューマー・ラボの調べでは市場に流通する14種の高麗ニンジンのサプリメントを分析したところ表示されている成分と異なる製品が6種類もあったそうです。
財団法人日本健康・栄養食品協会はロイヤルゼリーなどを含めた約50種類の健康食品についてメーカーが依頼した場合、審査した上で含有成分保証の認定マーク(JHFA)を発行しています。
信頼できるメーカーや製品は最低、含有成分、含有量、原材料、賞味期限、製造・販売業者名と連絡先が明記されていることが条件で、品質の劣化や異物などが混入しないようなパッケージがしっかりしていることなどがポイントになっています。